성요한은혜대학교 (St John Grace University)는 자기주도 학습(Self-Directed Study) 모델을 기반으로 대학원 수준의 학문 과정을 운영합니다. 모든 과정은 독립 연구와 학술적 글쓰기를 중심으로 구성됩니다.
본교의 학문 과정은 세 가지 핵심 전공으로 구성되어 있으며, 각 전공은 네 가지 세부 전공을 포함합니다. 지원자는 전공과 세부 전공이 결합된 하나의 학문 분야를 선택하게 됩니다.
신학 전공은 성서, 교리, 역사적 전통을 중심으로 한 학문 및 연구 중심의 신학 연구를 목표로 합니다.
목회 전공은 교회와 사역 현장에서의 리더십과 실천을 학문적으로 연구하고 발전시키는 데 중점을 둡니다.
상담 전공은 신앙 기반의 목회적·영적 돌봄을 중심으로 한 비임상적 상담 연구를 목표로 합니다.